CDD Ingénieur Chercheur bio analyste H/F
CDD Évry-Courcouronnes (Essonne) Développement informatique
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2024-32822Description de la Direction
Au sein de la Direction de la Recherche Fondamentale, l'Institut de biologie François Jacob, développe des recherches fondamentales, translationnelles et technologiques en radiobiologie et radiotoxicologie ; santé humaine (affections neurodégénératives, infectieuses et immunohématologiques) et génomique médicale et environnementale.
Description de l'unité
L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs.
Le CNRGH qui fait partie de cet institut est le centre national de recherche français qui permet de répondre aux questions scientifiques nécessitant des besoins de séquençage et de génotypage à haut débit grâce au développement et à la mise en œuvre de technologies innovantes et intégrées. L'organisation du CNRGH permet d'optimiser la recherche en génétique et en génomique des maladies humaines, en créant les liens indispensables entre la constitution des cohortes (échantillons d'ADN), l'identification des gènes responsables, l'étude du transcriptome et de l'épigénome.
Le CRefIX (Centre de REFérence, d'Innovation, d'eXpertise et de transfert) est, avec les plateformes de séquençage (SeqOIA et Auragen) et le centre d'analyse de données, une des trois structures clés du Plan France Médecine Génomique 2025 visant à déployer l'analyse génomique dans l'offre de soins (site du plan FMG2025).
L'équipe est constituée de trois ingénieurs en biologie moléculaire, une ingénieure bio-informaticienne, une cheffe de projets, une assistante et deux directeurs.
Le CNRGH est implanté à Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
CDD Ingénieur Chercheur bio analyste H/F
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
12
Description de l'offre
Parmi les enjeux actuels dans le domaine de la génomique humaine, en particulier concernant les maladies rares et l’oncologie, le CRefIX focalise une partie de ses travaux sur la levée de deux verrous limitant l’identification de variants causaux à même d’informer le diagnostic des patients : l’analyse des variants structuraux (SV) et la détection de variants de faible fréquence allélique (VAF).
L’analyse des variants structuraux (SVs) à partir de données issues de séquençage en lectures courtes ("short reads"), comme la technologie Illumina, n'est encore que très partiellement transférée du domaine de la recherche à celui du soin. Pour certaines pathologies, dont, en particulier, les sarcomes, la caractérisation des SVs pourrait peut-être permettre d’identifier des évènements causaux, plus pertinents que les évènements pilotes (drivers) classiques de types SNV. Certains sous-types de sarcome, comme les UPS (Undifferentiated Pleiomorphic Sarcomas) ou les LMS (Leiomyosarcomes) sont communément dépourvus d’évènements drivers classiques et il est pressenti que les évènements fondateurs seraient en réalité des réarrangements génomiques (SVs).
Vous participerez à l’évaluation de l'apport de l'analyse des variants structuraux dans la caractérisation et la prise en charge des sarcomes UPS et LMS. Ces travaux devraient déboucher sur une publication de nature méthodologique et/ou biologique suivant l'orientation donnée.
La détection fiable de variants de faible fréquence allélique (VAF < 10%) est importante pour le diagnostic de certaines pathologies dont les maladies rares en mosaïques (les variants causaux peuvent avoir des VAF de 1% en fonction de la maladie et du tissu étudié) et certains cancers, en particulier pour les études réalisées à partir de l’ADN tumoral circulant (ctDNA).
Vous participerez à l’analyse et l’interprétation des données générées au CRefIX à partir de techniques de séquençages adaptées à la problématique (WES profond, kits spécifiques pour l’analyse de ctDNA, nouvelle technologie de séquençage, etc.). La rédaction d’articles scientifiques est également prévue sur ce sujet.
Merci d'envoyer votre candidature à Mme TURON Violette : vturon@cnrgh.fr
Profil recherché
Profil du candidat
Formation
Titulaire d'un doctorat, vous devrez justifier d’une formation en génétique/génomique humaine complétée par une formation en informatique ou bioinformatique et d’une expérience significative en analyse de données dans le domaine du NGS appliquée à la génomique humaine dans le contexte des maladies rares et/ou de l’oncologie.
Compétences Requises
Aptitudes :
- rigueur et méthodologie ;
- attrait pour le travail rédactionnel ;
- aptitude à comprendre des problématiques scientifiques ;
- capacités à communiquer au sein d'équipes pluridisciplinaires.
Connaissances techniques :
- bonne connaissance du domaine de la bioinformatique ;
- bonne connaissance d'Unix et des clusters de calcul (Slurm) ;
- maitrise des outils de traitement de données NGS (WGS) de préférence en génomique somatique humaine (cancer).;
- bon niveau d'anglais.
Compétences scientifiques :
- connaissances solides en génétique/génomique humaine ;
- connaissances approfondies dans un des deux domaines suivants : génétiques des maladies rares ou génétique des cancers