CDD Ingénieur Bioinformatique & Génomique / transcriptomique H/F
CDD Évry-Courcouronnes (Essonne) Développement informatique
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2024-34745Description de la Direction
Au sein de la Direction de la Recherche Fondamentale, l'Institut de biologie François Jacob, développe des recherches fondamentales, translationnelles et technologiques en radiobiologie et radiotoxicologie ; santé humaine (affections neurodégénératives, infectieuses et immunohématologiques) et génomique médicale et environnementale.
Description de l'unité
L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs.
Le CNRGH qui fait partie de cet institut est le centre national de recherche français qui permet de répondre aux questions scientifiques nécessitant des besoins de séquençage et de génotypage à haut débit grâce au développement et à la mise en œuvre de technologies innovantes et intégrées. L'organisation du CNRGH permet d'optimiser la recherche en génétique et en génomique des maladies humaines, en créant les liens indispensables entre la constitution des cohortes (échantillons d'ADN), l'identification des gènes responsables, l'étude du transcriptome et de l'épigénome.
Le Laboratoire de Bio-Analyse (LBA), dirigé par le Dr Eric Bonnet au Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), mène des projets de recherche en lien avec l'analyse de données génomiques / transcriptomiques humaines en collaboration avec les équipes de recherche du CNRGH ou avec nos collaborateurs externes. Le LBA travaille également sur des sujets propres mêlant nos diverses valences allant de l'analyse de variants à la conformation 3D du génome dans des contextes pathologiques variés.
Le CNRGH est implanté à Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
CDD Ingénieur Bioinformatique & Génomique / transcriptomique H/F
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
18 mois
Description de l'offre
Contexte du projet :
Vous serez recruté dans le cadre du projet AGENOMICS, lauréat de l'appel à projet des mutuelles AXA sur leur axe "Grand Âge".
Ce projet a pour but l'exploration des génomes d'une cohorte exceptionnelle de 1000 centenaires (Cohorte CHRONOS du CEPH) afin d'y comprendre les mécanismes moléculaires du vieillissement "en santé" de nos aînés.
Vous serez impliqué dans une étude préliminaire (projet RNAEDIT) qui a pour but d'explorer des données de WGS et RNA-seq afin de détecter des bases éditées sur l'ARN. Ce mécanisme d'édition médié par les protéines de type APOBEC et ADAR permet d'apporter encore plus de diversité génétique aux transcrits – que les classiquement étudiés variants.
Cette étude préliminaire se fera sur des échantillons de sang et de cerveau d'individus centenaires non déments que l'on comparera à des individus non centenaires Alzheimer.
Missions :
Votre mission sera de mettre en place le pipeline informatique d'étude de l'édition reposant sur ce qui est fait dans la littérature afin de détecter des sites édités sur l'ARN fiables et d'éviter les faux-positifs.
Il y aura donc plusieurs phases de travail : bibliographie, développement et test du pipeline, traitement des données, analyse et critique des résultats et rédaction d'un article.
Le CEA est un acteur engagé dans l’accueil l’insertion et le maintien dans l’emploi des salariés en situation de handicap.
Si vous êtes intéressé, merci d'adresser votre candidature (CV + lettre de motivation + références) à : Kévin MURET : kevin.muret@cea.fr
Profil recherché
Profil du candidat
Pour ce poste il vous sera demandé d'avoir un Bac+8 (thèse) et une formation compatible avec le poste (~bio-informatique)
Quelques prérequis de base sont demandés :
● bash, Python, R
● être à l'aise avec un cluster de calcul
● fort intérêt pour la génétique
● niveau d’anglais suffisant pour la rédaction d’article
Dans l’idéal, vous aurez déjà travaillé avec des données WGS et RNA-seq.
Vous êtes motivé(e) pour être l'un des acteurs d'un projet original sur un sujet de santé publique.
Votre formation en bio-informatique vous permet d'appréhender aussi bien les aspects biologiques qu'informatiques. Vous êtes donc capable de critiquer vos résultats, que cela concerne la pertinence d'un variant observé ou concernant l'optimisation d'un outil utilisé.
Votre curiosité vous permet d'appréhender les choses au-delà des questions initiales et votre autonomie vous donne une certaine aisance pour progresser et tester des choses.
Vous êtes enfin capable de présenter vos travaux en réunion, en conférence mais vous êtes également - et ce point est important - à l'aise avec la rédaction d'articles scientifiques afin de valoriser vos recherches.