Chercheur Ingénierie métabolique H/F
CDD Évry-Courcouronnes (Essonne)
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2024-33152Description de la Direction
Au sein de la Direction de la Recherche Fondamentale, l'Institut de biologie François Jacob,
développe des recherches fondamentales, translationnelles et technologiques en radiobiologie
et radiotoxicologie ; santé humaine (affections neurodégénératives, infectieuses et immunohématologiques) et génomique médicale et environnementale.
Description de l'unité
L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs.
Le Genoscope est un acteur principal de la génomique en France, en particulier pour le développement du séquençage massif d'ADN et des techniques d'analyses bio-informatiques. Il s'attache principalement au développement de projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. L'Unité Mixte de Recherche Génomique Métabolique qui lui est associée conduit des projets pluridisciplinaires de recherche fondamentale, qui s'appuient sur des compétences clés en bio-informatique, biocatalyse, ingénierie métabolique et enzymatique, biologie synthétique et systémique.
Le Genoscope mène des projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. Après avoir participé au Projet Génome Humain, c'est un acteur majeur de la génomique en France, notamment dans le développement de techniques de séquençage massif d'ADN et d'analyses bioinformatiques.
Le Genoscope rassemble une centaine de salariés permanents et une cinquantaine de salariés non permanents (CDD, doctorants, post-dotorants, stagiaires). Il est implanté sur la Génopole d'Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
Chercheur Ingénierie métabolique H/F
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
24 mois
Description de l'offre
L'ingénierie métabolique offre un potentiel considérable pour faire progresser une économie circulaire du carbone, notamment grâce à la manipulation de micro-organismes tels qu' Escherichia coli (E. coli). Les E. coli modifiés peuvent convertir divers substrats en produits d’interet, mais l'optimisation des chassis bacteriens, reste un défi majeur. L'optimisation de chassis implique la réallocation des ressources au sein de l'organisme, l'ajustement de sa structure et l'évolution des gènes introduits. Les méthodes actuelles sont lentes, biaisées et ont tendance à optimiser ces aspects de manière indépendante, en ignorant souvent les interactions complexes entre eux.
Le projet vise à surmonter ces défis en développant un processus intégré pour l'ingénierie des souches de bioproduction adaptées à des contextes de production spécifiques. Nous utiliserons des techniques avancées de modification du génome pour accélérer le processus d'optimisation. Nos principaux objectifs sont les suivants :
1. Ingénierie de l'allocation des ressources : Nous visons à réallouer les ressources cellulaires afin de maximiser les rendements de bioproduction. En ciblant des éléments régulateurs clés, nous optimiserons l'allocation des ressources pour la croissance et la production dans diverses conditions. Nous mesurerons les changements dans l'allocation des ressources et comprendrons comment cela influence la physiologie de l'organisme
2. Ingénierie dirigée de la morphologie : La modification de la morphologie cellulaire devrait améliorer la fitness ou la valeur selective de E. coli dans des environnements diversifiés. Nous manipulerons les composants cellulaires qui contrôlent la forme pour améliorer la croissance et la résistance aux inhibiteurs. La microscopie sera utilisée pour étudier comment ces changements affectent la fitness.
En conséquence, nous développerons un processus consolidé d'ingénierie métabolique tenant compte de l’hôte, combinant les objectifs ci-dessus pour rationaliser l'ingénierie des souches pour diverses applications. Le projet s'appuiera sur les connaissances de la biologie des systèmes et utilisera des techniques de pointe d'édition du génome pour créer et étudier des variants génomiques. En analysant ces variants, nous espérons obtenir des connaissances mécanistiques sur la manière dont des modifications spécifiques améliorent la fitness dans plusieurs conditions.
Le projet est financé par la subvention Action Thématique Incitative Génopole (ATIGE), 2024.
Le CEA est un acteur engagé dans l’accueil l’insertion et le maintien dans l’emploi des salariés en situation de handicap.
Le CV ainsi que les coordonnées de deux référents doivent être envoyés avant le 30 octobre 2024 à: Mr Alaksh CHOUDHURY (alaksh.choudhury@genoscope.cns.fr).
Profil recherché
Profil du candidat
Nous recherchons un candidat hautement motivé, titulaire d'un doctorat, avec une solide expérience en laboratoire dans les domaines suivants : biologie moléculaire, édition du génome, microscopie et analyse d'images.
Des connaissances en bioinformatique, programmation Python et analyse de données (séquençage de nouvelle génération) sont un atout.