Ingénieur en terminologie biomédicale - h/f

Description de l'offre

Mission principale

Au sein de l’équipe projet FReSH, vous aurez pour mission principale de concevoir et de mettre en œuvre les solutions pour assurer l’interopérabilité sémantique des différentes ressources terminologiques du portail FReSH. Vous implémenterez des terminologies de référence pertinentes pour répondre à des besoins du projet et développerez les pipelines de traitements sémantiques.

 

Activités principales

* Analyser les besoins du projet et définir les ressources terminologiques nécessaires pour assurer la cohérence et l'uniformité des métadonnées.
* Spécifier, tester et valider les terminologies servant à harmoniser les métadonnées et construire les vocabulaires contrôlés.
* Collaborer avec le service en charge du Serveur Multi-Terminologique de l’ANS et les équipes de recherche expertes en ingénierie terminologique, en France et à l’International.
* Collaborer avec le prestataire chargé du développement informatique pour intégrer les ressources terminologiques et les standards de métadonnées dans le catalogue.
* Mettre en place les processus semi-automatiques d’indexation des contenus en texte libre en utilisant des vocabulaires contrôlés.
* Concevoir un framework d'alignement des terminologies dans le catalogue ; capitaliser sur les alignements réalisés pour les réutilisations futures.
* Travailler avec des interlocuteurs scientifiques experts de la discipline pour générer et enrichir des correspondances grâce au cadre développé.
* Mettre en oeuvre l’alignement des métadonnées du catalogue avec les référentiels.
* Documenter les décisions techniques prises et les choix de conception relatifs aux ressources terminologiques et aux standards de métadonnées.
* Assurer la veille sur les évolutions des terminologies médicales et des standards d'indexation.
* Agir en tant que porte-parole technique dans son domaine d'expertise.

 

Spécificité(s) et environnement du poste

*  Participer aux réunions avec les partenaires nationaux et internationaux.

Profil recherché

Connaissances

* Expertise approfondie des ressources terminologiques pertinents dans le domaine de la santé humaine (CIM, MeSH, SNOMED).
* Maîtrise des techniques de traitement du langage naturel appliquées au domaine médical.
* Compétences en programmation, notamment en Python ou R, pour l'analyse de données textuelles.
* Capacité à développer et à optimiser des algorithmes d'extraction des termes médicaux à partir de textes non structurés.
* Connaissance des standards de métadonnées pertinents pour le domaine des données en santé (DDI, DCAT, DataCite).
* Connaissances en technologies du web sémantique (RDF, OWL, SPARQL) et de Linked Data.
* Connaissance des principes et processus relatifs à l’interopérabilité, aux métadonnées, aux référentiels.
* Connaissance des principes de la science ouverte et des principes FAIR.
* Connaissance du domaine biomédical.

 

Savoir-faire

* Utilisation  d’outils IA, LLM et de méthodes de fine-tuning pour l’extraction de concepts à partir de texte.
* Utilisation d'outils NLP open source tels que cTakes, Spark NLP, ou SpaCy.
* Excellent sens de l’organisation et des priorités, capacité à gérer plusieurs actions en parallèle.
* Savoir transmettre des compétences et animer des ateliers.
* Très bon niveau d’anglais oral et écrit.

 

Aptitudes

* Excellentes capacités d'analyse et de résolution de problèmes.
* Capacité à prendre des décisions et à faire preuve de discernement.
* Faire preuve d’organisation, de réactivité, de rigueur et de méthode.
* Capacité à se saisir de nouveaux sujets et de monter en compétences rapidement.
* Aptitude à communiquer efficacement des concepts techniques complexes à des publics variés.
* Travailler en autonomie et également en équipe.

 

Expérience(s) souhaité(s)

* Une expérience dans l’utilisation de terminologies médicales et l'indexation de contenus de santé.

 

Niveau de diplôme et formation(s)

* Master 2+ ou ingénieur, en informatique médicale, ingénierie documentaire, linguistique informatique ou autre domaine pertinent.

 

Pour en savoir + :

•    Sur l'Inserm  [https://pro.inserm.fr/]
•    Sur la politique handicap : emploi.handicap@inserm.fr
•    Sur l’engagement de l’Inserm en faveur de la parité et l'égalité professionnelle [https://pro.inserm.fr/rubriques/linstitut/parite-et-egalite-professionnelle/parite-et-egalite/parite-et-egalite-professionnelle-a-l-inserm]

À propos de INSERM

L’Institut pour la Recherche en Santé Publique (IReSP) est un groupement d’intérêt scientifique (GIS) créé en 2007 dont l'Inserm est l'organisme gestionnaire. Son objectif général est de développer, structurer et promouvoir la recherche en santé publique. L’IReSP soutient la recherche en Santé Publique par différents moyens, et en particulier au travers d’appels à projets, et d’action de valorisation et d’animation (www.iresp.net).

Il travaille également en étroite coordination avec l’Institut Thématique (IT) Santé Publique de l’Inserm, dont l’objectif est de coordonner et d’organiser la recherche dans le domaine de santé des populations.

Contexte du projet :

L'IReSP, en collaboration avec l'IT Santé Publique, développe un Portail national des études en santé, avec l’objectif de recenser l’ensemble des études de recherche en santé conduites en France.

Cette initiative s’inscrit dans le prolongement, l’extension et la modernisation du site «Portail Epidémiologie France» (https://epidemiologie-france.aviesan.fr/epidemiologie-france/catalogue), porté par l’Inserm et ses partenaires qui existe depuis une dizaine d’années.

Le but de ce nouveau projet, qui s’inscrit dans la dynamique de la Science Ouverte, est d’améliorer la visibilité les principales sources de données en santé disponibles en France et d’accéder à une description synthétique de leurs caractéristiques essentielles, de promouvoir les collaborations entre équipes de recherche, et de faciliter la réutilisation secondaire des données.

Le Projet bénéficie du soutien de l’Etat dans le cadre du plan « France 2030 ».