Les organoïdes dérivés de patients (PDO, Patient Derived Organoids) sont des cultures cellulaires 3D qui s’auto-organisent pour répliquer la structure et la fonction des organes dont ils sont issus, et qui proviennent de biopsies réalisées sur des patients. Ce sont des modèles in-vitro très prometteurs dans les domaines de la médecine personnalisée, du développement de médicaments et de la recherche biomédicale. Par exemple, plusieurs études cliniques sont en cours en France et en Europe pour utiliser ces PDO afin d’orienter le traitement des cancers en observant la réponse des cellules du patient à différents protocoles.

Les équipes du CEA les emploient à des fins de recherche, et travaillent activement sur les technologies de culture et de suivi nécessaires à leur déploiement dans le parcours de soins. La microscopie est la méthode de prédilection pour observer l’évolution des PDO, et le suivi doit être réalisé sur une population afin d’obtenir des résultats statistiquement significatifs.

C’est dans ce contexte qu’un stage est proposé pourdévelopper un outil permettant de classifier rapidement une collection d’organoïdes à partir de leur morphologie.

Vous utiliserez un microscope à contraste de phase différentiel mis au point au laboratoire pour faciliter l’observation d’échantillons épais.

Vous serez en charge de l’acquisition d’une base de données d’images et serez encadré(e) par des biologistes pour l’annotation des morphologies d’intérêt.

Vous utiliserez ces données afin d’entrainer un algorithme d’intelligence artificielle à classifier les morphologies.

Votre objectif sera d’optimiser systématiquement les conditions de prise d’image et l’algorithme pour arriver à un outil validé et mis à disposition de l’équipe de biologie.