Stage Ingénierie de l'allocation du protéome H/F
Stage Évry-Courcouronnes (Essonne)
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2024-33149Description de l'unité
L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs.
Le Genoscope mène des projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. Après avoir participé au Projet Génome Humain, c'est un acteur majeur de la génomique en France, notamment dans le développement de techniques de séquençage massif d'ADN et d'analyses bioinformatiques.
Le Genoscope est implanté à Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
Stage
Intitulé de l'offre
Stage Ingénierie de l'allocation du protéome H/F
Sujet de stage
L'un des axes de recherche de notre laboratoire est l'ingénierie des chassis, qui représente un goulot d'étranglement critique dans la production biologique et la biologie synthétique. Pour concevoir ces chassis, nous pouvons optimiser différentes caractéristiques/fonctions cellulaires. Le projet actuel se concentre sur l'ingénierie de l'allocation des ressources/protéome. Les bactéries, y compris des hôtes de production comme *E. coli*, sont contraintes à maintenir une concentration totale en protéines quasiment constante. Elles régulent donc étroitement l'allocation de leur protéome "limité" entre les processus cellulaires clés en fonction des changements environnementaux. Les régulateurs protéiques tels que l'ARN polymérase, Crp et DksA se lient aux ligands ppGpp et cAMP pour contrôler cette régulation.
Durée du contrat (en mois)
6 mois
Description de l'offre
Dans ce projet, notre hypothèse centrale est que la régulation naturelle de l'allocation du protéome n'est pas optimale pour la bio-production. Pour tester cette hypothèse, notre approche consiste à comprendre l'impact d'un changement dans l'allocation du protéome sur des traits importants pour l'industrie, tels que la croissance et les rendements de production.
Le projet de stage impliquera le développement de deux approches pour perturber cette allocation :
1) En développant un circuit génétique pour modifier les niveaux de ppGpp et de cAMP dans les cellules. Nous utiliserons ensuite ce circuit pour comprendre l'impact du changement d'allocation sur les traits de production.
2) En utilisant l'édition génomique à haut débit par CRISPR/Cas9 pour créer une banque de mutations ciblant les protéines régulatrices de l'allocation. Nous utiliserons ensuite cette banque pour réaliser une évolution dirigée et identifier les mutations susceptibles d'améliorer les traits de production.
Dans ce projet, l'étudiant(e) acquerra des compétences dans trois domaines principaux :
i) Design : Circuits génétiques et bibliothèques de variants.
ii) Build : Outils de biologie moléculaire et édition par CRISPR/Cas9.
iii) Analyse : Réponse des circuits génétiques et évolution dirigée à l'aide de grandes bibliothèques de variants.
Le CEA est un acteur engagé dans l’accueil l’insertion et le maintien dans l’emploi des salariés en situation de handicap.
Merci d'envoyer votre candidature à Mr Alaksh CHOUDHURY : achoudhu@genoscope.cns.fr
Profil recherché
Profil du candidat
Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e) de niveau M2 ou en école d'ingénieur dans les domaines de la microbiologie, biochimie, biologie moléculaire.
L'anglais pour ce stage est attendus de niveau intermédiaire/avancé.
Les compétences souhaitées sont les suivantes : (*Les candidats n'ont pas besoin de maîtriser toutes les compétences, c'est un guide.)
Fortement souhaité : Biologie moléculaire : PCR, clonage, séquençage, etc., techniques de microbiologie.
Souhaité : Édition du génome, expérience en bioinformatique, maîtrise du codage en Python/R.
Savoir-faire : Conception d'expériences, rigueur, autonomie, motivation pour poursuivre la science et mener des recherches basées sur des hypothèses.