Ingenieur en informatique/bio informatique - h/f

Description de l'offre

Le bio informaticien évolue sur le PTBM au sein d'une équipe pluriprofessionnelle (ingénieurs bio informaticiens, biologistes médicaux, médecins généticiens, ingénieurs techniques, internes, externes et techniciens de laboratoire). De plus, il interagit avec d'autres services du CHU notamment la direction du système d'information (DSI), la cellule qualité ainsi qu'avec des prestataires externes.

Son activité quotidienne s'inscrit dans un travail d'équipe, en étroite collaboration avec les autres corps de métier, afin de répondre à la mission de diagnostic génétique. Ces activités se déroulent dans un contexte normatif et de confidentialité liées aux activités de biologie médicale des laboratoires.

Missions :

L'ingénieur bio informaticien a pour mission principale de réaliser le traitement bio informatique des données issues du séquençage haut débit des analyses de génétique constitutionnelle. A cette fin il réalise les activités suivantes :

-Mise au point et maintenance des pipelines d'analyses (exomes et panels)

-Gestion et maintenance des logiciels et bases de données liées au diagnostic génétique

-Réalisation d'une veille scientifique, règlementaire et normative.

-Mise en conformité des activités bio informatiques avec la norme ISO15189 (qualification des pipelines, cahier des charges, gestion documentaire)

Il assure d'autres missions :

-Développement d'outils informatiques liés aux besoins des équipes techniques et médicales.

-Formation du personnel concernant la bonne utilisation des outils bio informatiques.

-Gestion de l'infrastructure informatique utilisée, en lien avec la direction du système d'information (DSI)

-Collaboration avec les prestataires externes pour la mise à jour des outils propriétaires en lien avec le NGS.

-Participation au traitement des données de nouvelles technologies (NGS long read, RNAseq) mises en place au laboratoire.

-Participation aux publications scientifiques.

Profil recherché

Compétences requises

Utilisation et connaissance avancée des systèmes Linux
Connaissance de différents langages de programmation (Python, Perl, Java, javascript, Bash, R…)
Connaissance des outils de gestions de bases de données
Maitrise des outils de gestion de version, de gestion de workflow et de conteneurisation
Conception et utilisation d'architectures système pour le stockage et l'analyse de grande quantité de données
Connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire
Etre capable de travailler en équipe
Avoir des facultés d'intégration et d'adaptation au changement
Avoir le sens du service public
Maîtrise de l'anglais

contact: Dr Louis LEBRETON louis.lebreton@chu-bordeaux.fr

À propos de Centre Hospitalier Universitaire De Bordeaux

Situé dans une ville attractive, proche du bassin d'Arcachon et des Pyrénées, premier employeur de Nouvelle-Aquitaine, classé parmi les premiers au classement des CHU de France, le Centre hospitalier universitaire de Bordeaux assure ses missions de soin, de recherche, d'enseignement et de prévention au bénéfice de la population de la Métropole de Bordeaux et de sa région environnante.

Fort de 14500 agents et plus de 180 métiers, il regroupe ses activités sur trois sites hospitaliers, les groupes hospitaliers Pellegrin et Saint-André à Bordeaux et le groupe hospitalier Sud à Pessac. Etroitement liés à l'Université de Bordeaux, ils participent de manière constante à la formation médicale, chirurgicale, pharmaceutique et odontologique de la région ainsi qu'à la recherche fondamentale en liaison avec les unités INSERM et CNRS avec des nouvelles techniques innovantes.

Situé à Bordeaux, proche de Mérignac, le Groupe Hospitalier Pellegrin est le plus important des sites du CHU de Bordeaux. Il constitue un centre de soins aux compétences et équipements très étendus.

Le pôle de BIOLOGIE et PATHOLOGIE est un pôle transversal sur les 3 groupes hospitaliers, et regroupe toutes les disciplines de biologie médicale dont le laboratoire d'Immunologie et Immunogénétique

Les services de biochimie et de génétique moléculaire du CHU de Bordeaux réalisent le diagnostic de nombreuses maladies rares et des analyses de pharmacogénétique par séquençage haut débit (NGS). Des techniques de capture pour exome et panels de gènes sont employées. Ces activités se trouvent sur le plateau technique de biologie moléculaire (PTBM), qui permet de regrouper les moyens techniques pour les analyses génétiques de plusieurs services.